Um protocolo PCR para amplificação de sequências que flanqueiam um único conhecido seqüência. a fonte de DNA é digerido com uma endonuclease de restrição, circularizou e ligado. Primers são construídos que irá cruzar para as extremidades da sequência conhecida, mas será estendida em direções opostas para as seqüências flanqueando e ao redor do círculo. Ciclos de polimerização, desnaturação e rehybridization amplificam a seqüência entre os sítios de restrição.