Um tipo de marcador de DNA, gerado por digestão do DNA genômico com duas enzimas de restrição para criar muitos fragmentos de DNA, ligadura de seqüências específicas de DNA (chamado de adaptadores) nas extremidades desses fragmentos, a amplificação dos fragmentos através de PCR (usando um conjunto de primers com seqüências correspondentes aos adaptadores, além de várias combinações aleatórias de três bases adicionais no final)e a visualização de fragmentos através de eletroforese em gel. O PCR amplificam qualquer fragmento cuja seqüência acontece começar com qualquer uma das seqüências de três bases do conjunto de primers. AFLPs tem a importante vantagem que muitos marcadores podem ser gerados com relativamente pouco esforço. Eles são um meio muito útil para quantificar a extensão da diversidade genética dentro e entre populações. Sua grande desvantagem é que eles não são específicos para um determinado locus e, porque eles são marcados como a presença ou ausência de uma banda, heterozigotos não podem ser distinguidos de homozigotos, isto é, eles são herdados de forma dominante.