Shaymin é uma criatura pequena, Ouriço-like. Seu corpo é branco puro. Suas costas está coberta com pele verde e tem uma flor rosa com duas folhas em cada lado da cabeça, que se assemelha a flor Gracidea, várias flores Gracidea, como também aparecem nas suas costas sempre que ela se sente confortável, mas quando ele detecta um perigo iminente, que rapidamente esconde-lo voltar. Suas pernas são curtas e sua parte inferior é gorda. Shaymin é o Pokémon lendário menor até à data. De acordo com a altura de Pokédex do 0'08 ", é também entre o Pokémon quase menor na existência, com seus camaradas sendo Diglett, Nati, Azurill, Budew, Burmy e Chingling, só superado por Joltik.