Manaphy é um Pokémon aquático, azul e pequeno. Tem pés grossos e armas do clube-como mais de seu corpo. Manaphy tem uma jóia vermelha em seu peito e um ponto amarelo abaixo do gem. Manaphy tem uma cabeça em forma de cebola com um par de antenas longo azuis, que têm pequenas esferas no final. Íris da Manaphy são azul escuro, embora as partes mais externo de seus olhos são amarelas, com dois pontos amarelos marcações "sobrancelha" estendendo os olhos. Oitenta por cento do corpo do Manaphy é feito de água e é altamente suscetível ao seu ambiente. Uma destas reações é que quando Manaphy reproduz em um oceano que é mais quente do que aqueles que eles são nativos, a criança será um Phione em oposição a outra Manaphy.